Il trofeo fu vinto dal Siviglia, al secondo successo consecutivo nella competizione: gli andalusi superarono i connazionali dell'Espanyol nella finale del 16 maggio 2007, disputata all'Hampden Park di Glasgow. Prima del Siviglia l'unica squadra a centrare due vittorie consecutive nella competizione era stata il Real Madrid. L'Espanyol cadde ai rigori in finale per la seconda volta nella manifestazione ed eguagliò il risultato della Juventus nella Coppa delle Fiere 1970-1971, perdendo il trofeo pur senza aver subito alcuna sconfitta nell'arco del torneo.
Alcune squadre italiane sono state rimpiazzate in seguito agli sviluppi giudiziari dello scandalo che ha coinvolto il calcio italiano nel maggio 2006, al termine del campionato di Serie A 2005-2006. La Juventus, la Fiorentina, la Lazio e il Milan, accusate formalmente il 22 giugno, sono state giudicate il 14 luglio dalla Commissione di Appello Federale e dalla FIGC. La sentenza di appello, resa nota il 25 luglio, ha sancito la retrocessione in Serie B della Juventus con 17 punti di penalizzazione nella stagione 2006-2007, la penalizzazione di 19 punti nel campionato 2006-2007 della Fiorentina, la penalizzazione di 11 punti nella stagione 2006-2007 della Lazio e la penalizzazione di 8 punti nella stagione 2006-2007 del Milan. Juventus, Milan, Fiorentina e Lazio sono state penalizzate anche per il campionato di Serie A 2005-2006: la Juventus con il declassamento all'ultimo posto in classifica e le altre con 30 punti di penalizzazione a testa.
Per questa ragione Juventus, Fiorentina e Lazio sono state escluse dalle competizioni europee, mentre il Milan (retrocesso dal secondo al terzo posto) ha perso il diritto di accedere alla prima fase della Champions League ed è stato ammesso al terzo turno preliminare. In sostituzione di Juventus e Milan, sono state ammesse alla fase a gironi della Champions LeagueInter e Roma. Il Chievo Verona, già qualificato in Coppa UEFA è stato così ammesso al terzo turno preliminare della Champions League al posto della Fiorentina, ma essendo stato eliminato (ad opera del Levski Sofia), è stato quindi inserito nel tabellone della Coppa UEFA. Così a rappresentare l'Italia nella Coppa UEFA 2006-2007 inizialmente c'erano Chievo Verona, Palermo, Livorno e Parma.
Il 3 luglio 2006 la FIFA aveva inoltre sospeso la Federazione calcistica greca da tutte le competizioni europee a causa di incompatibilità tra la legge greca e le regole FIFA. Tuttavia, dopo che la legge è stata emendata per venire incontro alle obiezioni mosse dalla FIFA, il 12 luglio la sospensione è stata annullata dalla stessa FIFA.
↑Qualificato alla fase successiva ma escluso dalla competizione a causa degli incidenti occorsi in occasione della penultima partita della fase a gironi contro il Nancy. Nei sedicesimi di finale avrebbe dovuto incontrare il Tottenham che, vista l’esclusione degli olandesi, è passato in automatico agli ottavi di finale
↑Il 19 gennaio 2007 la UEFA ha annunciato l'esclusione del Feyenoord dalla competizione a causa degli incidenti occorsi in occasione della penultima partita della fase a gironi contro il Nancy. Il 25 gennaio la UEFA ha annunciato l'ammissione automatica del Tottenham al turno successivo. La decisione è stata confermata in appello dal TAS di Losanna.
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